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東に佐賀県と隣接する以外、周りは海である。対馬、壱岐、五島などの島嶼が多く、 島嶼の数は 971 と全国一である。 また、海岸線 4,137km は北海道に次いで全国2位であるが、 北方領土を除いた場合の北海道の海岸線は2,978kmとなり、 大差で長崎県が第1位となる。 面積が北海道の約20分の1である長崎県の海岸線がこれほど長大なのは、 島嶼が非常に多いことに加え、 リアス式海岸で海岸線が複雑に入り組んでいるからである。 この地形的特徴により、長崎県全域に83の港湾が点在している。 その数は全国の7.4％に及び、全国有数の港湾県となっている。 ちなみに長崎県内に、海から15km以上離れた地点はない。
南西方向から暖流の対馬海流が流入してくるため、気候は温暖で、寒暖差も小さい。
生物的見地からみると、各地の海岸にみられるアコウなどの亜熱帯性植物は温暖な気候を反映している。 他にも大陸に近いためツシマヤマネコやムツゴロウなどの大陸系遺存種が多いこと、 各地の離島で多くの亜種が発生することなども特徴である。
島原半島は活火山地帯で温泉が多いが、1990年-1995年の雲仙・普賢岳の噴火は島原市と深江町を中心に大きな被害をもたらした。
名産品
長崎ビードロ
茂木びわ
ジャガイモ
カステラ
島原手延そうめん
五島うどん
ごぼう餅（平戸名産品）
川内かまぼこ（平戸名産品）
ちゃんぽん
皿うどん
からすみ
角煮まん
かんころ餅（五島名産）
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